Hackyなことをしなければいけないのかなと思いましたが、ちゃんとremark/rehypeのプラグインを渡せるようになっていました。
これを使うだけです。
rehypePlugins={[slug]}
上記を参考に remarkPlugins を設定して、本文に以下のように Table of contents という見出しを設定すればそこに目次が配置されます。
## Table of contents
これでいけます。
remarkPlugins={[[toc, { tight: true }]]}
型があるとライブラリの仕様を追いやすくていいですね・・・!